Você parece estar confuso sobre como o Ubuntu instala o software.
O software instalado pelo Ubuntu (por exemplo, por qualquer um dos seus gerenciadores de pacotes) será instalado em todo o sistema, para todos os usuários. O Ubuntu não tem um conceito oficial de instalação de software para apenas um usuário.
A maioria dos softwares que precisam armazenar as preferências do usuário (especialmente o software de GUI da área de trabalho) armazenará sua configuração separadamente para cada usuário, no diretório inicial desse usuário. Usuários não privilegiados não podem modificar / quebrar software para outros usuários.
Se você quiser fornecer ambientes separados para diferentes usuários, com diferentes conjuntos de softwares de sistema instalados, você pode alcançar isso usando o chroot, ou até mesmo usando uma solução de virtualização mais completa. Mas, com toda a probabilidade, isso não é o que você realmente precisa, basta fornecer a certos usuários a capacidade de modificar os arquivos do servidor da Web.
Nesse caso, você faz isso com permissões de arquivo. Adicione os usuários que precisam para modificar os arquivos do servidor da Web em um grupo com adduser user group e, em seguida, modifique as permissões nos arquivos do servidor da Web (como / var / www) para permitir a edição em grupo e especificar o grupo. Como conseguir isso é provavelmente o escopo de outra questão.