O problema acontece porque os binários do hadoop são construídos para 32 bits. Você recebe esse aviso ao tentar executar isso em uma VM de 64 bits. Uma opção é compilar as fontes para 64 bits. Outra opção é atualizar seu hadoop-env.sh e adicionar -XX: -PrintWarnings em HADOOP_OPTS.
Eu tenho discutido isso no meu blog aqui