De acordo com meu conhecimento, instalar o Windows 8.1 a partir do Windows 7 irá sobrescrever seu MBR, mas a atualização do Windows 8 para o 8.1 não deve.
No entanto, se o seu MBR for sobrescrito, ainda é possível repará-lo. Como posso consertar o grub? (Como obter o Ubuntu de volta depois de instalar o Windows?)