Seu problema é semelhante a muitos outros que foram relatados aqui. Veja:
- Ubuntu 14.04 não inicializa antes do Windows 8.1
- Ubuntu 13.04 no sistema UEFI com o Gerenciador de Inicialização do Windows como o carregador principal
- Can é possível inicializar no Ubuntu após a atualização do Windows 8.1, o reparo de inicialização não o corrige
Basicamente, você deve conseguir corrigir o problema usando bcdedit
no Windows, executando o Reparo de Inicialização a partir de um disco de emergência do Linux ou instalando o rEFInd. (Essas são apenas três correções relativamente fáceis; há literalmente dezenas de outras maneiras de resolver o problema.)