Não sei qual é a causa do problema, mas você pode resolvê-lo duplicando a primeira imagem:
cp 001.jpg 000.jpg
Em seguida, execute seu avconv
novamente e ele fará a transição da primeira imagem para a primeira imagem. O espectador não notará a diferença.
Se sua sequência já começa em 000.jpg
, isso é um pouco mais doloroso. Podemos bater todos os existentes, mas temos que escrevê-los para um novo nome de arquivo (para não sobrescrever o próximo) e, em seguida, podemos dividi-lo em números puros:
rename 's/(\d+)/sprintf("tmp%03d", +1)/e' *.jpg
rename 's/^tmp//' *.jpg
Aqui está em ação:
$ rename 's/(\d+)/sprintf("tmp%03d", +1)/e' * -v
000.jpg renamed as tmp001.jpg
001.jpg renamed as tmp002.jpg
002.jpg renamed as tmp003.jpg
003.jpg renamed as tmp004.jpg
004.jpg renamed as tmp005.jpg
$ rename 's/^tmp//' *.jpg -vn
tmp001.jpg renamed as 001.jpg
tmp002.jpg renamed as 002.jpg
tmp003.jpg renamed as 003.jpg
tmp004.jpg renamed as 004.jpg
tmp005.jpg renamed as 005.jpg