O método Window Rules
funcionará, mas parece exigir uma reinicialização para entrar em vigor; ou pelo menos para janelas de conversação do Pidgin que parece ser o caso.
Eu tentei instalar o gerenciador de configurações do Compiz,
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager sudo apt-get install compiz-plugins
Em seguida, defina
Window Rules
paraSticky
paraclass=Pidgin