O método Window Rules funcionará, mas parece exigir uma reinicialização para entrar em vigor; ou pelo menos para janelas de conversação do Pidgin que parece ser o caso.
Eu tentei instalar o gerenciador de configurações do Compiz,
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager sudo apt-get install compiz-pluginsEm seguida, defina
Window RulesparaStickyparaclass=Pidgin