Como mencionado por Warrent Hill, Execute o comando antes de desligar / reiniciar o caminho para fazer isso. Crie um script em /etc/init.d/shutdown_google_drive.sh e adicione softlinks conforme necessário em rc6.d.
No entanto, se a sincronização levar mais de 60 segundos (eu tenho certeza que este é o tempo limite padrão), então não funcionará porque o processo de desligamento tem um watchdog e um script que leva muito tempo é simplesmente interrompido ( como morto) e o processo de desligamento continua.
Para garantir que você não perde dados, você pode considerar o uso de shutdown -c em seu script (acho que é possível) e informar ao usuário que o desligamento foi cancelado caso sua sincronização esteja levando muito tempo tempo.