Normalmente, você coloca as fontes onde quiser.
Se você planeja distribuir seu projeto através de pacotes binários ou repositório, você deve pensar em integrá-lo com a estrutura normal do sistema de arquivos (ou seja, binários em /usr/bin , bibliotecas em /usr/lib , arquivos de dados em /usr/share ... ).
Se os usuários devem compilar o programa, foi (?) uma tradição honrada do Unix instalar o projeto em /usr/local ( /usr/local/bin , /usr/local/lib , /usr/local/share ) ...
Existem alguns "padrões" que são mais ou menos seguidos: o Padrão de Hierarquia do Sistema de Arquivos (FHS) , ou em algum lugar nas páginas Freedesktop (por exemplo, Especificação do Diretório Base XDG) .