AFAIK existem duas opções para alterar os mapas de teclado. O Xmodmap é relativamente fácil de alterar, mas sofre de ser um pouco lento para iniciar. O Xkb é terrivelmente complicado e terrivelmente documentado, mas é muito mais estável e deveria supostamente substituir o xmodmap. Eu uso o último.
Dito isto, não tenho certeza de como é fácil remapear as teclas modificadoras com xkb. (FWIW, as configurações do sistema do KDE são apenas uma interface para as opções do xorg / xkb.)
Em qualquer caso, aqui está uma solução usando o xmodmap.
Primeiramente, verifique o mapeamento existente.
xmodmap -pke
Você verá algo semelhante ao seguinte.
keycode 77 = Num_Lock NoSymbol Num_Lock
Você não disse qual tecla você queria trocar, então, por exemplo, eu vou trocar a com num lock. Por isso, também encontre a linha para essa chave.
keycode 38 = a A a A aacute Aacute aacute
Execute os seguintes comandos para testar, trocando-os imediatamente.
xmodmap -e 'keycode 38 = Num_Lock NoSymbol Num_Lock'
xmodmap -e 'keycode 77 = a A a A aacute Aacute aacute'
E você pode verificar o mapeamento novamente.
xmodmap -pke
Para tornar essa alteração permanente, crie ~/.Xmodmap com o conteúdo a seguir e reinicie (ou possivelmente efetue logout / in).
keycode 38 = Num_Lock NoSymbol Num_Lock
keycode 77 = a A a A aacute Aacute aacute
