Acho que a resposta verdadeira é que depende.
Você já tentou executar algum software de teste de hardware fora do Windows ou do Ubuntu? Isso ajudará você a determinar se os setores defeituosos são setores ruins ou ruins.
-Se eles são setores ruins "soft", o chkdsk já os reparou e tanto o Windows quanto o Ubuntu irão gravar essas partes do disco novamente.
-Se eles são setores ruins "duros", você deve começar a se perguntar coisas como ... quantos anos tem o meu disco? Eu causei algum dano ao disco (como quedas ou quedas)? Se não, então pode haver algo errado com o controlador S.M.A.R.T no seu disco. Essa peça de hardware deve cuidar da marcação de setores defeituosos para que nenhum sistema operacional em execução no disco grave ou leia essas áreas.
-Preferivelmente antes, mas você pode depois; Se você executar seu teste de hardware fora de todos os sistemas operacionais usando um utilitário como o pc-check, você deve fazer um backup apenas no caso de sua unidade estar à beira da falha. Espero que isso lhe aponte na direção certa.