Esta não será uma solução para a sua pergunta nem uma solução satisfatória, mas eu tenho o mesmo problema desde o Ubuntu 14.04 e descubro que quando eu me desconectar usando gráficos integrados (Intel HD 4400) o Ubuntu se transforma em modo gráfico baixo mas ao alternar para gráficos discretos (Radeon HD 8670M), o logout funciona bem.
Eu uso drivers proprietários (fglrx) para a placa gráfica discreta e centro de controle de catalisador para alternar entre as duas GPUs. Quando faço logout enquanto uso a GPU discreta, a tela pisca um pouco (parece que algo está acontecendo com a resolução da tela) antes de me levar para a tela de login, mas funciona.
Atualização: Eu removi o fglrx e configurei meu laptop para usar somente o GPU integrado no BIOS. Agora eu posso realmente sair quando usando o GPU integrado. Não há mais a possibilidade de mudar para a GPU discreta.
Se o mesmo for possível na sua máquina (configurando-o somente para gráficos integrados), você poderá obter um baixo consumo de energia.