A questão não é se há fragmentação. Todos os sistemas de arquivos possuem alguma fragmentação.
A questão é se a fragmentação é suficiente para afetar o desempenho.
Nos sistemas de arquivos Linux, a fragmentação é geralmente menor que 5%, geralmente 1 ou 2%, a menos que o disco esteja 99% cheio. No caso de um disco inteiro, você pode ver uma fragmentação significativa, mas, nesse caso, o problema é um disco inteiro.
$ sudo fsck.ext2 -fn /dev/sda1
e2fsck 1.42 (29-Nov-2011)
Pass 1: Checking inodes, blocks, and sizes
Pass 2: Checking directory structure
Pass 3: Checking directory connectivity
Pass 4: Checking reference counts
Pass 5: Checking group summary information
Ubuntu_Rescue: 291595/1222992 files (**0.2% non-contiguous**), 1927790/4882432 blocks
Portanto, sim, há 0,2% de fragmentação, mas isso está bem abaixo do limite de 85% para afetar o desempenho.
Veja a postagem no blog Por que o Linux não precisa ser desfragmentado? .
No Windows, não é incomum ver taxas de fragmentação de 50% ou mais (já vi 200% mais). Assim, o Windows precisa de ferramentas de desfragmentação.
No Windows, eles recomendam a desfragmentação em limites de aproximadamente 85%.
Veja:
- Defragging: por que, como e se Os maiores mitos de desfragmentação de disco
Assim, a linha de fundo, a desfragmentação não é um problema grande o suficiente no Linux para afetar o desempenho, então não há ferramentas de desfragmentação significativas e você está desperdiçando seu tempo se preocupando com isso.