Como não tenho informações suficientes para escrever um comentário, sou forçado a escrever uma resposta.
Primeiro de tudo, eu vejo o que você quer dizer e, muitas vezes correu na situação de não ter mais espaço, especialmente se experimentar com pequenas instalações. Eu notei diferentes problemas, mas nenhum dos problemas 2. ou 3. No caso do Plasma do KDE, por exemplo, todos os meus widgets de desktop desapareceram quando eu removi os arquivos para liberar espaço (e não, eu não removi os arquivos de configuração).Para explicar alguns fatores, seria importante saber:
- qual sistema de arquivos você estava usando
- se você estava usando o prelink (que pode corromper binários em caso de pouco espaço)
Para sua primeira pergunta: Você pode configurar uma raiz e uma partição home, o que não resolve o problema, mas pelo menos garante que nada inesperado aconteça com a partição raiz se a home estiver cheia.
Caso você não consiga mais efetuar login: Você não precisa de outro CD ao vivo: Basta fazer o login em um terminal virtual: (pressionando Ctrl + Alt + F1) e liberar espaço.
Acho que os avisos de muito menos espaço disponível estão lá por algum motivo. Você não pode simplesmente restringir o espaço em disco para que, por exemplo, 3 MB seja gratuito, mas não gravável. Que diferença faria este último? Você não pode mais escrevê-lo, o que é exigido pelo X para efetuar login como usuário.