Eu tive o mesmo problema e eis como resolvi o problema:
Adicioná-lo via arrastar e soltar de / usr / share / applications usando o nautilus sempre me dava os ícones de lançador de unidade duplicados.
Eu iniciei o aplicativo a partir de uma janela de terminal e usei a opção de clicar com o botão direito do mouse "Bloqueio para Ativador" em seu ícone de painel, que parecia funcionar como esperado depois que eu entrei no lançador do nautilus.
O problema foi que o arquivo desktop de / usr / share / applications tem alguns recursos extras que o atalho de arrastar e soltar (localizado em ~ / .local / share / applications) estava faltando, como "New Window" e "Novo arquivo", clique com o botão direito do mouse nas opções do menu, que eu não queria perder. Então tentei ver o que é diferente entre eles, e a única diferença significativa que pude ver foi esse atributo:
StartupWMClass = Sublime_text
Depois que adicionei o arquivo .desktop de / usr / share / applications, ele começou a funcionar. Em seguida, apaguei o atalho gerado em ~ / .local / share / applications e parece funcionar.
Espero que isso ajude você também.