Estou executando o Kubuntu 14.04 guest no VirtualBox com o host do Win 7. Eu tenho problemas de vídeo. Vídeos freqüentemente aparecem em cima de todo o resto, até coisas que eles não deveriam - como menus. Se eu arrastar um jogador na tela, o vídeo fica onde está até eu soltar o player, então o vídeo se encaixa no quadro novamente.
Descobri que no VLC alterando a configuração da saída de vídeo para "Saída de vídeo X11 (XCB)" posso fazer o problema desaparecer, mas isso é apenas no VLC. Eu gostaria de corrigir todo o sistema, mas não consigo encontrar configurações. Como estou em um Virtualbox, não acredito que tenha opções na placa de vídeo além do adaptador gráfico InnoTek VirtualBox fornecido
Desativar 3D e definir a saída de vídeo para "Saída de vídeo X11 (XCB)"
Se eu não habilitei a aceleração 3D, a reprodução de vídeo congelou em vnc quando escolhi a reprodução em tela cheia. Então, eu habilitei o 3D, o que resolveu o problema de tela inteira, mas me deu o problema que você descreveu.