Aparentemente, versões recentes do Compiz não ligarão a roda do mouse (botões 4-7) para janelas que não sejam a área de trabalho, a menos que uma tecla modificadora esteja configurada (SHIFT, ALT etc.).
Isso era ainda mais restrito, de modo que nenhum botão especial do mouse estava ligado, mas isso foi corrigido há cerca de um mês (veja bug # 1304877 para detalhes). Agora, pelo menos, botões > 7 pode ser usado novamente. Os botões 4-7, no entanto, são explicitamente desbloqueados se a janela atual não for a área de trabalho (veja o diff do commit vinculado no relatório de bug acima).