Parece que o GnuCash é um bom programa para contabilidade. Ele pode importar arquivos QFX (um para cada conta) do Quicken e ele tentará não manter entradas duplicadas. Ele também tem um registro no estilo de talão de cheques, como você mencionou.
Do site deles:
Projetado para ser fácil de usar, mas poderoso e flexível, o GnuCash permite que você acompanhe contas bancárias, ações, receitas e despesas. Tão rápido e intuitivo para usar como um registro de talão de cheques, é baseado em princípios contábeis profissionais para garantir livros balanceados e relatórios precisos.
