Eu não sei exatamente o que é "conteúdo que acredito ser apropriado". No entanto, se você puder executar o script através do terminal, tudo o que você precisa fazer é criar um script com:
#!/bin/bash
cd /path/to/folder
command-you-would-run-in-terminal
Torne o script executável. Em seguida, no seu arquivo .desktop, inicie o script em vez de seu comando diretamente.
Exemplo
#!/usr/bin/env xdg-open [Desktop Entry] Version=1.0 Encoding=UTF-8 Type=Application Terminal=false Exec=path/to/icon/bash script Name=Script name path/to/icon/here Comment=A description here