A configuração das suas interfaces de rede está em /etc/network/interfaces
e o IPv6 é totalmente suportado. Aqui está um exemplo de um dos meus sistemas:
# The loopback network interface
auto lo
iface lo inet loopback
# The primary network interface
auto eth0
iface eth0 inet static
address xx.yy.zz.222
netmask 28
gateway xx.yy.zz.209
iface eth0 inet6 static
address xxxx:yyyy:zzzz:1::222
netmask 64
gateway xxxx:yyyy:zzzz:1::1