Passo # 1 = No terminal digite "gksu nautilus".
Passo # 2 = Navegue até onde o arquivo ou pasta está.
Passo 3 = Clique com o botão direito do mouse no arquivo ou pasta, escolha "propriedades", escolha "permissões" e escolha as configurações de acesso desejadas. Você também pode alterar quem é o proprietário do arquivo ou da pasta se não quiser que ele seja de propriedade do root.
Não se esqueça de fechar a janela do nautilus depois - ela é executada com permissões de root.