Tente usar pavucontrol
- Controle de volume do PulseAudio
sudo apt-get install pavucontrol
Isso tinha opções de configuração mais avançadas, então pode funcionar.
Outra coisa para tentar é mover a configuração. Se o problema parece ocorrer apenas no seu usuário, e funciona em outro lugar, tente mover os arquivos de configuração relevantes (alguns podem ser relevantes, alguns podem não ser, mas isso apenas fará o backup deles) :
mv ~/.config/pulse ~/.config/pulse.bak
mv ~/.gstreamer-0.10 ~/.gstreamer-0.10.bak
mv ~/.local/share/gstreamer-1.0 ~/.local/share/gstreamer-1.0.bak
Se você quiser restaurá-los
mv ~/.config/pulse.bak ~/.config/pulse
mv ~/.gstreamer-0.10.bak ~/.gstreamer-0.10
mv ~/.local/share/gstreamer-1.0.bak ~/.local/share/gstreamer-1.0