Sim, infelizmente você está certo. Os arquivos foram excluídos quando você desligou o laptop.
Dependendo de como você configura o seu pendrive ao vivo, não há arquivo de persistência onde o seu trabalho é armazenado.
Quando iniciar a partir de live stick, o Ubuntu essencialmente carrega-se na sua memória RAM para funcionar e realmente não usa mais o stick usb.
Quando você desliga seu pc a RAM é apagada.
Para evitar isso no futuro, siga este guia para instalar o sistema ao vivo em seu pen drive novamente:
link
No último quadro, você verá um pequeno controle deslizante na parte inferior da janela, intitulado "Etapa 4: defina um tamanho de arquivo persistente para armazenar as alterações. (Opcional)"
Use este controle deslizante para alocar memória persistente para o live stick.