Experimente o exiftool, que está disponível no pacote libimage-exiftool-perl nos repositórios.
Como exemplo, se você tiver um arquivo em pdf chamado drawing.pdf e quiser atualizar seus metadados, use o utilitário exiftool desta forma:
exiftool -Title="This is the Title" -Author="Happy Man" -Subject="PDF Metadata" drawing.pdf
Por algum motivo, o Assunto inserido termina no campo de palavras-chave dos metadados no arquivo pdf. não é um problema em alguns casos, até desejável, no entanto, isso pode ser problemático, evince e o visualizador de metadados do nautilus não mostra isso, mas o visualizador do Adobe Acrobat e o visualizador do PDF-XChange fazem isso.
O programa criará um backup do arquivo original se você não usar o arquivo; -overwrite_original
switch, isso significa que haverá uma duplicata na pasta onde está o pdf atualizado. Do exemplo acima; um arquivo chamado; drawing.pdf_original será criado.
use o switch de substituição por sua conta e risco, minha sugestão é não usá-lo e script algo para mover este arquivo para um local melhor, apenas no caso.