Você pode usar o xev:
sudo apt-get install xev
Abra um terminal e execute xev na linha de comando. Coloque o mouse na janela que acabou de abrir e clique em um dos botões do mouse. Você receberá muitos resultados por clique. Encontre um bloco que se parece com isso, a parte mais importante sendo perto do final (botão 3, neste caso):
ButtonPress event, serial 36, synthetic NO, window 0x3c00001, root 0x269, subw 0x3c00002, time 14058208, (44,38), root:(1725,240), state 0x10, button 3, same_screen YES
Experimente todos os seus botões e encontre a ordem desejada. Execute xinput e tente o resultado. No meu caso foi:
xinput -set-button-map "Evoluent VerticalMouse 4" 1 3 9 4 5 6 7 8 2 10
Coloque o comando xinput em um arquivo no seu diretório pessoal. Para executá-lo em cada inicialização, adicione-o à lista de comandos de inicialização do seu sistema operacional. Executar uma pesquisa por "inicialização" ou "aplicativos de inicialização" no menu inicial, você deve encontrá-lo facilmente. Apenas tentei com o Xubuntu 14.04, e levou 3 segundos para encontrar.
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