Se eu quisesse instalar e1071 manualmente, eu simplesmente acionaria RStudio e, em seguida, instalaria o pacote da interface deles. Se isso não combina com você, você pode baixar o pacote .tar.gz source do CRAN , então no RStudio Install packages > From local file .
O pacote precisa ser instalado a partir de dentro de R, portanto, executar ./configure manualmente não é recomendado. Você deve estar usando install.packages() .