O rsync funcionará do seu Ubuntu para o local de backup do Windows. Seria mais simples montar o local de backup do Windows no seu servidor usando o compartilhamento smaba
mount -t cifs [//your Windows's ip address/sharefolder] /path-to-the-mounting-point-on-your-ubuntu -o username=[yourwindowsusername],password=[yourwindowspassword],rw
seguido por
rsync -avrP /directory-to-be-backup/ /path-to-the-mounting-point-on-your-ubuntu
as opções são a (rchive), v (erbose), r (ecursiva) e P (artial).