Eis o que recomendo que você faça, mas não posso garantir que funcionará:
- Inicialize um live CD do Linux.
- Execute o Reparo de inicialização novamente, mas entre na área Configuração avançada e selecione a opção para restaurar os arquivos de backup. Quando você diz para completar esta ação, você deve voltar para onde você estava antes (o Windows deve inicializar, mas o GRUB não aparecerá). Mesmo que você não consiga inicializar o Windows neste ponto, pode prosseguir pelo menos até a etapa 6 sem arriscar nada.
- Desativar inicialização segura em seu firmware.
- Faça o download da unidade flash USB ou da versão em CD-R do meu gerenciador de inicialização do rEFInd e prepare um meio de inicialização com isso.
- Inicialize com o meio rEFInd.
- O rEFInd deve detectar o Windows e o Ubuntu, e ambos devem inicializar. (Provavelmente haverá mais de uma entrada no Ubuntu. Desde que você inicialize, você está bem, mas é possível que a opção GRUB falhe.)
- Se o Windows e o Ubuntu inicializarem, baixe e instale a versão do pacote Debian do rEFInd.
Neste ponto, o rEFInd deve aparecer quando você reinicializar o computador. Caso contrário, seu firmware está quebrado e você precisará experimentar soluções alternativas, conforme descrito aqui. Você também pode postar de volta com mais detalhes se tiver problemas.