Em Déjà Dup você deve ter duas opções relevantes para sua pergunta: 'pastas para salvar' e 'pastas para ignorar'.
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Em "pastas para salvar", você deve selecionar sua pasta pessoal e pressionar o sinal de menos . Se você não se livrar da pasta inicial na lista "pastas para salvar", a pasta base também será salva. Eu acho que esse é o seu problema.
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Em seguida, em "pastas para salvar", pressione o sinal de adição e adicione sua pasta Documentos.
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Você ainda pode escolher ignorar pastas específicas em sua pasta Documentos usando a opção 'pastas para ignorar'. Mas se você quiser a pasta Documents inteira, não há razão para adicionar nada aqui.