/usr/bin/X11/ é um link simbólico (link simbólico) apontando para /usr/bin/ . Por isso, ele contém a si mesmo e você pode acompanhar essas X11 pastas durante todo o dia, mas ainda há apenas uma no seu disco.
Isto é por razões de compatibilidade, pois alguns programas esperam que algum outro programa esteja em /usr/bin/X11/ , mas o Ubuntu os coloca em /usr/bin/ .