No Ubuntu, um clique com o botão direito do mouse (contextmenu) em um .bz .gz .7z .bz2 etc sempre é descompactado em uma pasta da minha experiência. O programa usado é .... fileroller.
Veja também: Existe uma opção de menu de contexto 'Extrair para ...' para o aplicativo Archive Manager no Nautilus?
Se tudo mais falhar: file-roller -h filename
A opção -h força a criação de um diretório no qual os arquivos são descompactados. O nome do diretório é o mesmo que o nome do arquivo menos a extensão do nome do arquivo. veja: man file-roller