Escolha Unison se o que você quer é sincronização bidirecional, é mais adequado para esses cenários; embora alcançável em rsync também.
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É uma má ideia, mas um login raiz não é necessário. Você precisa de um login na outra máquina que tenha permissões para gravar nas pastas que deseja sincronizar. Como esse é seu material pessoal, você pode usar seu login normal ou criar um login especial em todas as máquinas especificamente para o Unison e conceder as permissões de login nessas pastas.
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A ligação bidirecional e facilidade de configuração principalmente, mas se resume a preferência. Você pode tentar ambos para ver qual deles você gosta mais.
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Você pode executar verificações antes de realmente invocar a sincronização do rsync ou do Unison. Por exemplo, você pode montar o diretório da máquina remota via sshfs. Se falhar, não inicie a sincronização. Isso pode fazer parte do seu script de sincronização.
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O principal gargalo será a velocidade da rede, e o Unison pode ser mais lento se você tiver grandes quantidades de dados para sincronizar (~ aproximadamente 100GB). Caso contrário, as diferenças são insignificantes, YMMV. A configuração de todos é diferente. Você também deve ler esta postagem como parte de suas considerações.
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Se você estiver usando o sshfs, tente a opção de reconexão .