Obteve uma resposta do desenvolvedor :
A mensagem é enganosa aqui. Como você pode ver, você não tem permissões de gravação em / media / username. Isso significa que o GEncfsM não pode criar os pontos de montagem. Para corrigir isso, use:
sudo chown username /media/username
Depois, leia:
drwxr-x---+ 5 username root 4096 Dec 17 10:29 username
...
Se você quiser colocar todos os pontos de montagem por padrão, você pode ajustar a variável mount_dir_base nas preferências avançadas para / media / $ USER. O GEncfsM deve ser reiniciado após a alteração.