O Ubuntu usa tanto sysvinit quanto upstart para o nível de execução.
O que você pode fazer por apache2 , pois acho que o apache2 não tem a configuração upstart :
update-rc.d -f apache2 remove
e por mysql . Você precisa editar /etc/init/mysql.conf
Pesquise a linha start on e comente com #
#start on runlevel [2345]
Basicamente, scripts e configurações iniciadas estão localizados em
/etc/init.d/
/etc/init/
/etc/init/ é para configuração inicial
Você também pode usar o BootUp-Manager [Graphical Application] para desativar os serviços de /etc/init.d/ , mas acho que não funciona para /etc/init/
Basta fazer:
sudo apt-get install bum