Existe algum problema / dano se eu atualizar apenas um repo? Isso pode afetar a instalação do software de alguma forma?
Não, bem, sim, se o seu pacote requer uma versão que está disponível apenas em certos repositórios, o apt se recusará a instalar o pacote.
Se a resposta for Não, então como posso atualizar um repositório específico?
Você deve criar o arquivo .list
onde a descrição do repositório será, ou seja:
deb http://download.virtualbox.org/virtualbox/debian raring contrib
Em seguida, salve-o em algum lugar. Agora você só precisa fazer:
sudo apt-get update -o Dir::Etc::sourcelist="mysources.list"
Feito.