Você pode baixar e reinstalar todos os pacotes usando --reinstall
:
sudo apt-get install --reinstall package1 package2 package3
Mas, certifique-se de que você limpou seu cache antes. Use
sudo apt-get clean
para limpar o cache. Porque, se um pacote estiver presente no cache, apt
não fará o download novamente.
É claro que a melhor maneira é eliminar o sistema da órbita e começar de novo para garantir a máxima segurança.