Estou executando o Ubuntu 12.04. Esse é o problema mais estranho de todos os tempos e não tenho idéia de como descrevê-lo, mas vou tentar. Eu tenho o áudio trabalhando com o HDMI, e então ele mostra meu desktop Ubuntu na tela da TV, mas não mostra nenhum programa que eu tenha aberto? Às vezes mostra meu mouse, mas só se estiver na barra lateral, e só às vezes ... Estranho né? Alguém sabe o que está acontecendo?
O Ubuntu por padrão usa a configuração 'Extend' quando se conecta a um monitor externo, esta configuração basicamente estende sua tela. Eu acho que se você segurar Alt quando o mouse estiver na borda, ele irá cruzar para a outra tela. Você pode usar isso para mover uma janela para o outro monitor.
Você pode clonar as exibições aqui
% bl0ck_qu0te%e alterando as configurações conforme desejar.