Sim, no Gnome 3, o Gconf está sendo substituído pelo DConf, que é acessado através do GSettings. Você pode usar o dconf-editor do pacote dconf-tools para explorar. É muito parecido com o gconf-editor.
As entradas que você procura estão localizadas em org - > gnome - > área de trabalho - > fundo
Desmarque fundo de desenho E mostre ícones da área de trabalho
Não há mais problemas no menu de abertura e no papel de parede:)