Tanto quanto eu sei que você pode redefinir todas as configurações do gnome e coisas relacionadas , mas se você está falando sobre o gerenciamento de pacotes e tudo, então eu acho que é difícil!
A melhor maneira é criar duas contas, Uma como Administrador e outra como Aluno .
Não adicione este usuário de estudante a nenhum arquivo sudoers, etc., ou seja, não dê acesso root à conta do aluno. Assim, esses usuários não poderão instalar ou remover nada relacionado ao sistema.
Se você deseja limpar todas as configurações e remover todos os dados desse aluno no momento da inicialização, então pode anotar o script de shell para isso e, em seguida, adicionar este script de shell em aplicativos de inicialização .Assim toda vez que você reiniciar seu PC este script de shell será executado e ele vai fazer a tarefa! A redefinição de papéis de parede, a limpeza do histórico e a limpeza do diretório inicial do usuário podem ser feitos facilmente com um script de shell.
espero que isso ajude!