Eu não encontrei uma maneira de fazer isso no flashback do gnome baseado no Compiz, mas você pode alterá-lo em flashback-no-effects e ele terá efeito no flashback regular do gnome também.
Efetue logout e faça login no gnome-flashback-no-effects. Então Alt + Clique com o botão direito do mouse no painel e clique em "Propriedades".
Mude para a aba "Background" e selecione "None (use system theme)".
Em seguida, efetue logout e faça login novamente no flashback regular do gnome.