N: Ignoring directory '/etc/apt/apt.conf.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file '90rkhunter.before_restore_2013-12-08_17.40.52.459330' in directory '/etc/apt/apt.conf.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file '90rkhunter.before_restore_2013-12-08_17.40.36.158263' in directory '/etc/apt/apt.conf.d/' as it has an invalid filename extension
N: Ignoring file '99-localepurge.before_restore_2013-12-08_17.40.52.459330'
Embora eu não possa dizer por que está emitindo um Aviso (esse é o N: ) em /etc/apt/apt.conf.d/ (ignorar é certo, emitir o aviso não é), deve ser razoavelmente óbvio que os outros arquivos estão sendo ignorado por não ter a extensão de nome de arquivo correta, pois eles parecem ser backups. Remover esses arquivos deve resolver o problema, e pode se livrar de todos os avisos se o diretório está simplesmente ocorrendo porque existem arquivos inválidos dentro dele.
A execução do código a seguir (uma única linha) removerá permanentemente esses backups e, espera-se, solucionará seu problema.
sudo rm -f /etc/apt/apt.conf.d/90rkhunter.before_restore_2013-12-08_17.40.52.459330 /etc/apt/apt.conf.d/90rkhunter.before_restore_2013-12-08_17.40.36.158263 /etc/apt/apt.conf.d/99-localepurge.before_restore_2013-12-08_17.40.52.459330