Seu site fica "descriptografado" no momento em que você faz login. Quando você bloqueia sua tela, você ainda está logado, assim o seu homedrive não é criptografado e os programas que têm permissão para acessar o seu homedrive podem acessá-lo.
A pasta principal é criptografada enquanto a tela está bloqueada e o que acontece com os programas em execução em segundo plano que precisam acessá-la, se for?
Seu site fica "descriptografado" no momento em que você faz login. Quando você bloqueia sua tela, você ainda está logado, assim o seu homedrive não é criptografado e os programas que têm permissão para acessar o seu homedrive podem acessá-lo.