.bashrc não é o lugar certo para definir variáveis de ambiente, como você descobriu. Este arquivo é lido apenas quando você inicia um shell interativo (especificamente, somente quando você inicia uma instância interativa do bash, não de outros shells). O ambiente é então herdado pelos processos iniciados a partir desse shell (cada processo possui seu próprio ambiente, herdado de seu processo pai). Então, se você iniciar um programa diretamente da GUI, ele nunca teve a chance de ver essas variáveis de ambiente.
Defina as variáveis de ambiente em ~/.profile ou em ~/.pam_environment . Ambos os arquivos são lidos quando você faz o login.
Para obter mais informações, consulte Alternativa para .bashrc e Qual é a melhor distribuição / shell maneira agnóstica de definir variáveis de ambiente?