Primeiro de tudo synaptic
não é instalado por padrão no Ubuntu 12.04, a menos que você o tenha instalado manualmente. Muito provavelmente, o problema está causando por software center
. Pode acontecer que, quando você está tentando atualizar o apt-cache, o centro de software também esteja tentando o mesmo. Isso está causando o erro. Para ter certeza de que você pode abrir o centro de software e no canto superior direito (último ícone), você pode obter um ícone ocupado ou 'progresso'.
Aguarde até que o centro de software conclua sua ação. Em seguida, tente apt-get update
. Não tenho certeza se o centro do software pode funcionar ou não a partir do console virtual. Se o centro de software pode funcionar a partir do VC, o processo pode ter acabado, e é por isso que você não obteve nenhum erro.