Para o Unity 3D, você pode experimentar este script.
Basicamente, ele irá verificar se há janelas maximizadas e irá desmotivá-las e redimensioná-las para a altura máxima de largura possível (depois que você fizer testes, achar que está funcionando bem em sua máquina); jogue também com nXpos e nYpos se achar que algo não está funcionando bem.
demaximize.sh 1005 710 # para 1024x768 que funciona aqui pelo menos ...
#!/bin/bash
# make tests to your system, this works 'here' at 1024x768
nWidth= #1005
nHeight= #710
nXpos=1
nYpos=22
while true; do
windowId='xdotool getactivewindow';
if xwininfo -wm -id $windowId |tr -d '\n' |grep -q "Maximized Vert.*Horz";then
wmctrl -i -r $windowId -b toggle,maximized_vert,maximized_horz;
xdotool windowsize $windowId $nWidth $nHeight;
xdotool windowmove $windowId $nXpos $nYpos;
xdotool getwindowname $windowId
fi;
sleep 0.5;
done
PS .: para cromo / cromo funcione melhor, ative a opção "usar o título e as bordas do sistema"