A maneira mais segura de fazer isso é instalá-lo em uma partição separada, mas isso provavelmente é mais trabalho do que você precisa.
O que eu recomendo é instalar o Kubuntu. Eu não tenho certeza se é realmente o que você quis dizer quando disse "KDE em cima de uma instalação do Ubuntu", mas o Kubuntu é pouco mais que o KDE + Ubuntu. Apenas faça:
sudo apt-get instala o kubuntu-desktop
em qualquer janela de terminal (irá instalar uma tonelada de pacotes kde). No final, você será perguntado se deseja usar o gdm ou o kdm como gerenciador de login. Não há problema em escolher um, mas o kdm lhe dará a experiência completa do Kubuntu.
Na próxima vez que você inicializar, antes de fazer o login, escolha o KDE como seu gerenciador de sessões. Ele usará o mesmo $HOME e a mesma pasta raiz e, assim, você ainda terá todos os mesmos programas instalados e suas respectivas configurações serão mantidas. Eu posso estar errado, mas acho que apenas as configurações armazenadas em ~/.gnome2/ não serão carregadas pelo KDE (elas são são configurações do gnome depois de tudo).
Finalmente, você não precisa realmente remover o KDE depois disso. Você pode continuar usando o gnome regularmente e nunca mais escolher o KDE no gerenciador de sessão. Se, por alguma razão, você fizer quiser realmente remover o KDE (talvez você precise liberar espaço), aqui está o que você faz:
sudo apt-get expanda kubuntu-desktop
O kubuntu-desktop é um pacote fictício (você notará que o processo de remoção será rápido), remover este pacote fará com que o apt considere todos os pacotes do kde desnecessários (já que eles foram trazidos por este), então apenas faça:
sudo apt-get autoremove --purge
Se você optou por manter o gdm como seu gerenciador de login, pode parar por aqui. Se você escolheu o kdm como seu gerenciador de login no primeiro passo, você terá que ou reinstalar o gdm (já está tecnicamente instalado, então você pode apenas reconfigurá-lo se souber como) sudo apt-get install --reinstall gdm ou reinstale o kdm novamente sudo apt-get install kdm .
EDIT De acordo com @AnwarShah, o método acima para remover o Kubuntu não funciona. Eu não tenho uma máquina Ubuntu para testar isso agora, então vou apenas fornecer um método alternativo.
O comando fornecido em esta resposta , deve eliminar todos os vestígios do kde do seu sistema . Antes de executá-lo, você deve ler todos os pacotes e certificar-se de que nenhum deles tenha sido previamente instalado por você! Certifique-se de remover o nome de qualquer pacote que você queira manter. (Além disso, eu não li todos esses pacotes, então não posso garantir nada sobre a eficácia dos comandos.)
Como alternativa, você pode manter o controle de todos os pacotes instalados ao instalar o kubuntu-desktop e, em seguida, fazer apenas apt-get purge nesses pacotes. Isso requer a premeditação de copiar a lista de pacotes de volta quando você instalou kubuntu-desktop (e lembrando onde você salvou), mas é um pouco mais seguro fazer.