Você está certo, isso pode ser confuso. Então, deixe-me tentar esclarecer os termos antes de tudo:
A maneira como o Windows compartilha arquivos e impressoras é chamada de SMB . As pessoas do projeto SAMBA implementaram todos os protocolos e especificações da Microsoft para o Linux. O Ubuntu, portanto, suporta o mesmo tipo de compartilhamento de arquivos que o Windows, chamado Samba.
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Você pode usar o SAMBA para compartilhar arquivos entre máquinas Linux. Na verdade, você pode preferir, caso tenha, por exemplo, um amigo com seu computador Windows.
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Como alternativa, você pode usar o The Linux Way para compartilhar arquivos, que é NFS (Network File System) - Esta resposta a uma pergunta anterior explica como fazê-lo. (mas é bastante técnico)
Assim, quando a caixa de diálogo Opções de compartilhamento pede para você instalar os pacotes, você não está realmente instalando nenhum software da Microsoft ou algo assim. Vá em frente e faça isso, é perfeitamente seguro.
Adendo:
Você pode tentar apenas ativar o compartilhamento antes de seguir as instruções de Salih Emin; Se isso não funcionar, você receberá um aviso simples, você pode então fazer os passos descritos por Salih, se necessário. Eu tentei em um sistema recém-instalado e atualizado, e eu realmente precisava fazer isso.