Um bom comando para executar é
ls -la
Isso mostrará permissões, propriedade, grupos e arquivos ocultos.
Neste ponto, você deseja garantir que os subdiretórios tenham o proprietário e as permissões corretas.
Você pode alterar o proprietário das pastas e arquivar recursivamente, fazendo este comando
sudo chown -R magnus *
O * diz ao chown para alterar a propriedade de todos os arquivos enquanto o -R diz ao chown para fazê-lo recursivamente através da estrutura de arquivos.
Se você quiser fazer isso apenas no seu diretório pessoal e todos os arquivos e pastas nele, faça isso.
sudo chown -R magnus /home/magnus
Isso deve dar a você permissões sobre os arquivos se as permissões do proprietário estiverem definidas corretamente.
Verifique também o chmod se as permissões estiverem definidas corretamente.
Aqui está uma explicação muito melhor do que eu poderia dar a você neste link