No GDM
Edite o arquivo /etc/gdm/custom.conf e remova / comente o AllowRoot=true .
No KDM
Edite o arquivo /etc/kde4/kdm/kdmrc e altere AllowRootLogin=true para AllowRootLogin=false .
no LightDM
Este procedimento desativa o menu "Outro", para que você possa digitar o nome de usuário root e o login. Você deve editar /etc/lightdm/lightdm.conf e adicionar greeter-show-manual-login=false . Então reinicie.
Para desativar o login root, basta digitar:
sudo passwd -dl root