Você deve usar aspas simples '
ou aspas duplas "
ao redor da URL neste caso (e em geral):
wget 'http://www.flareget.com/files/flareget/debs/amd64/flareget_2.3-24_amd64(stable)_deb.tar.gz'
A partir de agora, você deve usar esse método em geral quando usar uma string que contenha parênteses como argumento em um comando. Isso ocorre porque os parênteses são usados para agrupamento pelo shell, de forma que eles não sejam comunicados de forma alguma a um comando. Então, o bash shell lhe dará um erro de sintaxe:
$ echo some (parentheses)
bash: syntax error near unexpected token '('
$ echo 'some (parentheses)'
some (parentheses)