Não sei se é o melhor caminho, mas é o que eu faço:
- Execute o Thunderbird uma vez no novo sistema (mas não crie nenhuma caixa de correio). Isso criará um diretório em
~/.thunderbird
com um hash gerado e ".default" anexado ao final. - Extraia o backup no diretório.
- Reinicie o Thunderbird. Ele deve encontrar todas as caixas de correio restauradas e todas as configurações anteriores.